Au début du XVIeme siècle, la ville libre de Strasbourg n'avait pas encore d'école digne de son renom littéraire, lacune particulièrement grave à une époque où les humanistes affichaient leurs préoccupations pédagogiques. Les motifs d'ordre religieux furent également déterminants. Bucer et Capiton, propagateurs de la Réforme, désiraient la création d'une école capable de former de futurs pasteurs, d'autant que la suppression des écoles conventuelles rendait urgente l'organisation de nouveaux établissements scolaires.
En adoptant la Réforme, le Magistrat de Strasbourg, qui détenait à la fois la haute autorité sur l'Eglise et les écoles, allait accélérer la fondation du Gymnase.
Dès 1528, trois écoles classiques fonctionnaient à Strasbourg et dispensaient un enseignement varié. La plus importante se trouvait dans l'ancien couvent des Dominicains qui allait devenir le Gymnase...Il manquait une direction unique, énergique et compétente. Les autorités de Strasbourg surent s'attacher un homme providentiel : Jean Sturm. Allemand d'origine, mais cosmopolite comme tous les humanistes, son érudition lui avait valu d'être appelé avant l'âge de 30 ans pour des cours au Collège de France qui venait d'ouvrir à Paris...En venant à Strasbourg, Jean Sturm accepta les propositions du Stettmeister Jacques Sturm (Premier magistrat de la ville libre et sans aucun lien de parenté avec lui) et de Martin Bucer. La ville approuva son plan relatif à l'organisation de la nouvelle Haute Ecole qui fut inaugurée le 22 mars 1538.
1538-1621 : époque la plus brillante et la plus originale de l'histoire du Gymnase. L'esprit qui y régnait était conforme à la devise de Jean Sturm : "Sapiens et eloquens pietas", c'est-à-dire que l'on s'efforçait d'y concilier les exigences de l'Humanisme et de la Réforme. C'était une école* protestante animée d'un esprit très large, et ouverte aux élèves de toutes les confessions. On attachait une grande importance à l'éducation morale et religieuse, et l'enseignement était de caractère encyclopédique. Les langues anciennes occupaient une place de choix.
En 1621, nouvelle promotion : l'Empereur Ferdinand II confère à la Haute Ecole la dignité d'Université, avec le droit de nommer des docteurs. Malheureusement, l'administration de l'Université fut dissociée de celle du Gymnase qui se vit ramené au rôle d'école secondaire ordinaire préparant les futurs étudiants.
De 1621 à 1789 il est ouvert à toutes les couches sociales, grâce à de nombreuses bourses. Il constitue le vivier où la ville de Strasbourg et l'Alsace protestante recrutent leurs cadres.
Le Gymnase subsista pendant la Révolution.
Sous Bonaparte, la fondation d'un Lycée à Strasbourg mit fin au quasi monopole du Gymnase, mais ne nuisit guère au rayonnement de la vieille école qui connut, après 1815, un demi-siècle de calme. Beaucoup d'hommes devenus célèbres par leur érudition y furent élèves.
L'incendie de 1860 détruisit les anciens bâtiments. L'école fut reconstruite en 1863.
Le bombardement du 24 août 1870 anéantit le Temple Neuf, la bibliothèque et toucha partiellement le Gymnase.L'aile centrale fut reconstruite. On peut lire une inscription gravée "1872" à l'intérieur du bâtiment.
L'école a été rénovée entièrement en 2007, le décor est de style néo-renaissance et rappelle les valeurs humanistes de ses fondateurs.
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